A comienzos de la colonización española en Cuba, los obispos condenaban a los que suponían contrarios a la fe católica. Sujetas al Tribunal de la Inquisición de Nueva España y al de Cartagena de Indias en 1610, se instauraron en Cuba dos comisarías para aplicar los preceptos correspondientes al Santo Oficio. Funcionaron hasta 1820, aunque desde mediados del siglo xvii sin mayor brutalidad, para preservar el rigor ideológico. Su dominio decreció tanto por los conflictos de autoridad con la diócesis como por el desprestigio de sus funcionarios, que hacían empleo de las sanciones para su beneficio.